Los microorganismos descomponen compuestos orgánicos complejos, como cuerpos muertos de plantas y animales y desechos en nutrientes, haciéndolos fácilmente absorbibles por las plantas.

Pueden crear compuestos como sustancias antibióticas, enzimas y ácidos lácticos que pueden suprimir diversas enfermedades y promover condiciones saludables del suelo.

Los OMI se utilizan principalmente para crear una condición de suelo fértil y saludable que sea ideal para la agricultura y para prevenir enfermedades de las plantas. En Agricultura Natural, los IMO se utilizan en tratamientos aplicados al suelo con el fin de mejorar su fertilidad y salud.